Kilian, ein vornehmer Irländer, genoss in einem Kloster seiner Heimat eine christliche Erziehung und war dem Lesen der Heiligen Schrift und Übungen der Frömmigkeit sehr ergeben. Am liebsten hätte er sich in stiller Einsamkeit Gott und dem Heil seiner Seele gewidmet. Als er aber einst die Worte Jesu betrachtete: „Wer mir nachfolgen will, der verleugne sich selbst, nehme sein Kreuz auf sich und folge mir nach!“ da entschloss er sich, seine liebe Klosterschule, seine Heimat und alles zu verlassen und den Heiden in fremden Ländern das Evangelium zu verkünden. Zwei gleichgesinnte Freunde, der Priester Koloman und der Diakon Totnan schlossen sich ihm an. Mit ihnen reiste er zunächst nach Frankreich und als er dort vernahm, dass in Franken noch die tiefste Unwissenheit im christlichen Glauben herrsche, zog er dahin und kam zum Kastell Würzburg. Wohl hatte das Christentum schon in vielen Gegenden Deutschlands, namentlich am Rhein, an der Donau, in Schwaben, Bayern und Österreich, Wurzel gefasst, jedoch in Franken huldigte das Volk noch den heidnischen Götzen, besonders der Göttin Diana, die man gewöhnlich Holla nannte. Die schöne Gegend, der kräftige Menschenschlag und das heitere Gemüt der Bewohner gefielen Kilian sehr, aber dass sie noch in der Nacht des Heidentums umhertappten, erfüllte ihn mit unsäglichem Schmerz und er sprach zu seinen Gefährten: „Wenn es euch gefällt, so wollen wir, wie wir es im Vaterland ausgemacht haben, nach Rom pilgern und die Gräber der Apostelfürsten besuchen und uns dem Heiligen Vater Papst Johannes vorstellen. Zugleich wollen wir auch vom apostolischen Stuhl die Erlaubnis erbitten, in dieser Gegend den Namen unseres Herrn Jesus Christus verkünden zu dürfen. Und haben wir diese Vollmacht erhalten, so wollen wir hierher zurückkehren und predigen.“ Kilians Gefährten willigten freudig ein. Sie pilgerten zusammen nach Rom und wurden, da Papst Johannes V. bereits gestorben war, von dessen Nachfolger Papst Konon liebreich und ehrenvoll aufgenommen. Nachdem sich Konon von der Rechtgläubigkeit und Gelehrsamkeit Kilians überzeugt hatte, weihte er ihn zum Bischof und übertrug ihm die Mission über Franken. Die beiden Gefährten Kilians ermahnte der Papst zum treuen Gehorsam, erteilte ihnen seinen Segen und entließ sie mit den Worten: „“Ziehet hin! Fangt euer Werk mit Gott an und vollendet es mit Gott! Euer Lohn wird groß sein im Himmel, ewige Freuden warten dort auf euch.“
Kilian eilte mit seinen treuen Gefährten Koloman und Totnan nach Würzburg zurück und predigte mit Kraft und Salbung die Lehre Jesu, heilte Kranke und tat viele Wunder vor den Augen des Volkes, so dass viele glaubten und sich taufen ließen. Selbst der Frankenherzog Gosbert ließ den Glaubensverkünder an seinen Hof rufen und sein Herz wurde von seiner eindringlichen Predigt so tief ergriffen, dass er sich nach einigen Unterredungen mit dem Heiligen am nächsten Osterfest zusammen mit vielen Edlen des Hofes und einer großen Menge Volkes taufen ließ.
Gosbert hatte nach alter heidnischer Gewohnheit deutscher Stämme Geilana, die Witwe seines Bruders zur Gemahlin. Als Kilian den Herzog im Glauben hinlänglich befestigt glaubte, machte er ihn darauf aufmerksam, dass seine Ehe nach christlichen Grundsätzen nicht statthaft sei. Tief betrübt erwiderte Gosbert: „Schwereres predigst du nun, als vorher, doch aus Liebe zu Gott will ich sie verlassen, wenn ich sie nicht besitzen darf. Aber jetzt muss ich in den Krieg ziehen. Wenn ich zurückkomme, wollen wir miteinander überlegen, ob es denn notwendig sei, dass ich die Frau entlasse.“ Darauf zog er mit seinem Heer ins Feld.
Die stolze und herrschsüchtige Geilana konnte sich nicht mit dem Gedanken abfinden, den herzoglichen Hof verlassen zu müssen. Deshalb beschloss sie, Kilian samt seinen Genossen aus dem Weg zu räumen. Zwei heidnische Diener erklärten sich bereit, für eine große Geldsumme die Glaubensboten zu ermorden.
Der heilige Kilian ahnte nicht die drohende Gefahr, aber ihm wurde in einem Gesicht sein baldiger Tod von Gott angekündigt. Er sah einen Mann von herrlicher Gestalt vor sich stehen, der so zu ihm sprach: „Freund Kilian, steh auf! Ich will nicht, dass du noch länger arbeitest. Nur noch ein Kampf steht dir bevor, du wirst aber mit mir den Sieg erringen.“ Er sprach es und verschwand. Kilian stand eilends auf, rief seine Gefährten und sprach zu ihnen: „Brüder, lasst uns wachsam sein! Bald wird der Herr kommen und an der Tür anklopfen. Seien wir auf der Hut, damit er uns nicht schlafend finde! Füllen wir unsere Lampen mit dem Öl guter Werke! Lassen wir es nicht ausgehen und sehen wir uns nicht erst dann um solches um, wo wir keines mehr bekommen werden!“ Die beiden Freunde bereiteten sich mit ihrem Meister auf den Tod vor.
Als eines Morgens die drei Gefährten im Betsaal des Schlosses ihre Tagzeiten beteten und Psalmen sangen, drangen die beiden gekauften Meuchelmörder mit gezückten Schwertern herein und riefen: „Auf Befehl der Herzogin müsst ihr sterben!“ Sanft entgegnete ihnen Kilian: „Ach, meine Freunde, wozu seid ihr gekommen? Ihr werdet den Befehl vollziehen, wir aber eilen zu einem besseren Leben. Möge Gott euch und denen, die euch gesandt haben, vergeben!“ Die Mörder durchbohrten Kilian sowie Koloman und Totnan. Dies geschah im Jahr 689. Die Mörder verscharrten die Leichen samt den kirchlichen Gewändern, Kelchen, Büchern und Kreuz an der Mordstätte und die Herzogin ließ das Gerücht verbreiten, die fremden Priester seien fortgewandert. Den Betsaal verwandelte sie in einen Pferdestall, damit man keine Spur des Mordes entdeckte.
Eine fromme, edle Witwe, namens Burgunda, die in der Nähe des Heiligtums wohnte, hatte den Mord bemerkt, getraute sich aber aus Furcht vor der Rache der Herzogin nicht, die Untat zu erzählen.
Als Gosbert zurückkehrte und sogleich fragte: „Wo sind die heiligen Männer, dass ich sie mit einem Teil meiner Beute beehren kann?“ erwiderte Geilana bedauernd: „Sie sind schon längere Zeit nicht mehr hier. Sie werden wahrscheinlich in einer anderen Gegend das Evangelium predigen.“ Aber „es ist nichts so fein gesponnen, es kommt ans Licht der Sonnen.“ Einer der Mörder verfiel in Raserei, lief durch die Räume des Schlosses und die Stadt und schrie: „O Kilian, wie schrecklich verfolgst du mich! Mit Feuer brennst du mich, mit meinem Schwert, das mit deinem Blut gefärbt ist, drohst du mir!“ Er zerbiss sich die Zunge und seine Glieder und starb eines grauenvollen Todes. Der andere Mörder stürzte sich in sein eigenes Schwert, mit dem er die Märtyrer getötet hatte.
Die verbrecherische Geilana geriet in Raserei und schrie verzweifelnd: „Ach Kilian, wie schrecklich verfolgst du mich! Ach, Koloman, du zündest mir das Feuer an! Ach, Totnan, du trägst das Holz dazu! Lasst ab, lasst ab! Ich erkenne euch als Sieger. Ich unterliege der Schmach und dem Entsetzen, die mich überfallen.“ An allen Gliedern verrenkt, starb sie in Raserei.
Die heiligen Leichname wurden erst nach fünfzig Jahren aufgefunden und vom heiligen Bischof Burkhard in der Marienkirche auf der Herzogsburg feierlich beigesetzt, bald aber in die über dem Grab erbaute Kirche Neumünster übertragen. Wegen der vielen Wunder verbreitete sich die Verehrung des heiligen Kilian und seiner Gefährten weit über die Grenzen Thüringens. Die Stadt und das Bistum Würzburg verehrt den heiligen Kilian als seinen Patron, das Bistum Paderborn feiert ihn als Konpatron.